MAN Selat Tengah Kabupaten Kapuas berdiri pada tahun 1993 hal ini berdasarkanSK. Meneg No. 244, Tanggal 25 November 1993, sejak itu sekolah ini langsung beroperasi.dan secara resmi diresmikan pada Januari 1994. MAN Selat Tengah Kabupaten Kapuas memiliki NSS/NSM 31.1.62.03.01.003. MAN Selat Tengah Kabupaten Kapuas terakreditasi dengan nilai B berdasarkan Nomor : Kw.15/4-d/006/2004 pada tanggal 28 September 2004. Pada tahun 2016 MAN Selat Tengah telah terakreditasi A sampai dengan sekarang

Saat ini MAN Selat Tengah merupakan sekolah favorit dan unggulan yang berada di kota Kuala Kapuas. MAN Selat Tengah merupakan sekolah yang telah banyak meraih prestasi. Selain letak MAN Selat tengah yang strategis berada di tengah –tengah kota Kuala Kapuas pada tahun 2007 dan tahun 2015  MAN Selat Tengah berhasil mendapat penghargaan dari Gubernur Kalimantan Tengah karena terpilih sebagai juara I sekolah sehat Tingkat SLTA /SMK/MA Provinsi Kalimantan Tengah. Hal ini merupakan cerminan dari nilai –nilai kebersihan yang diterapkan disekolah ini.